Sedan mitten av 2010 har ett omfattande arbete pågått i syfte att certifiera Mekonomens verksamhet i Sverige enligt ISO 14001 (miljö), OHSAS 18001 (arbetsmiljö) och ISO 9001 (kvalitet). Avsikten är att integrera ledningssystemen i den ordinarie verksamheten för att underlätta och effektivisera arbetet. Under 2012 har samtliga butiker i Sverige och drygt 70 verkstäder genomgått utbildning inom alla tre certifieringsområden.
Internrevisioner
För att säkerställa att kompetensnivån förblir hög efter certifieringen genomförs revisioner. Inom Mekonomen finns ett tiotal internrevisorer som under året gjorde drygt 200 revisioner i butiksnätet och på verkstäder. Även externa revisioner genomförs kontinuerligt av oberoende certifieringsföretag. Vid de externa revisionerna som utfördes under 2012 identifierades mycket få avvikelser.